上密院藏語叫“居堆巴扎倉”，即續(xù)部經(jīng)堂神學(xué)士院之意。系由濟尊·喜饒森格之弟子杰·貢嘎頓珠于藏歷第八繞迥的木猴年(公元1464年)在衛(wèi)堆窮木達之地的塞哇隆山洞(今墨竹工卡縣境內(nèi))修行藏傳佛教，因其地在拉薩上部，所以取名為上密院。后成為黃教密宗的主要寺院之一。

　　據(jù)史料記載：杰.貢嘎頓珠于藏歷第七繞迥的土豬年(公元1419年，也就是宗喀巴大師圓寂的那一年)，出生于后藏“乃寧”之地，幼年在那塘寺剃度出家，聞修了各種教法。后跟杰·袞頓珠巴修習(xí)《量釋集論》經(jīng)，此后游歷前藏，在“哲蚌根培林”聽杰·喜饒森格和堪欽白洛講法，最后進入下密院修行密法。其46歲時也就是藏歷第八繞迥的木猴年(公元1464年)，因與下密院堪布扎西堅贊不睦，遂帶領(lǐng)六弟子和一些密宗法器、經(jīng)典，來到衛(wèi)堆窮木達內(nèi)一色娃隆山洞開始研習(xí)密宗。次年與強孜貢噶扎西遷到強巴林寺修行。

　　貢嘎頓珠來到“色娃隆”修行密宗時，開始只有六弟子，以后發(fā)展到32人，神像增加到32尊。其在傳授密宗的同時，撰寫了《宗喀巴大師傳》和《濟尊·喜饒森格大師傳》，規(guī)定每年召集一次僧眾大會。大約過了10年左右，堪布扎西堅贊升任為噶丹強孜曲杰后，迎請其來下密院任堪布，但他未去上任，繼續(xù)留在強巴林寺傳授密法。

　　藏歷第八繞迥的木蛇年(公元1485年)，拉薩吉曲河洪水泛濫，后請杰·貢嘎頓珠來吉曲河邊進行祈禱活動，第二天，洪水下降，免除了一場大的災(zāi)難。當(dāng)時的溫薩·達隆巴為獎勵其治水有功，故頒發(fā)封文執(zhí)照，將小昭寺封賜給上密院，作為扎巴修行場所。

　　藏歷第十二繞迥的鐵兔年(公元1711年)，藏王拉藏汗視上密院為宗喀巴黃教密宗的正宗寺院，在達隆巴封文的基礎(chǔ)上，又頒發(fā)了將小昭寺、釋迦牟尼像、拉章，所屬經(jīng)堂等等永遠歸屬上密院的封文執(zhí)照。

　　藏歷第八繞迥的火馬年(公元1468年2月6日)貢嘎頓珠圓寂于強巴林寺，終年68歲。貢嘎頓珠圓寂后，留其心臟、舌頭、腦骨，其余火焚，后將其心、舌裝入一新制造的一肘長金佛像放在小昭寺內(nèi)，腦骨放在直貢地方的“拉孜袞薩寺”內(nèi)。其圓寂后，停止兩年修行密宗。從公元1488年，復(fù)又在小昭寺修行密宗。

　　小昭寺建于吐蕃時期，當(dāng)時吐蕃贊普松贊干布迎請?zhí)瞥某晒骱湍岵礌柍咦鸸饕院?，分別在拉薩建立了兩所寺院，一所是大昭寺，為尼泊爾尺尊公主的住所，一所是小昭寺，為文成公主的住所，寺內(nèi)并放有文成公主從內(nèi)地帶來的釋迦牟尼佛像。小昭寺占地面積19.73畝。主廳三層，占地面積為2.27畝。主廳第一層為一大經(jīng)堂，占地面只為1畝。后面有一佛塔，高30.7米。占地面積為0.2米。全寺房屋約50間左右。

　　小昭寺在1711年改為上密院修行場所以后，在西藏社會上聲譽更提高了一步。乾隆二十五年(公元1760年)，清乾隆帝御賜“耆閬真進”一匾額。說明了清朝皇帝對其評價是很高的，也是很重視的。

　　上密院設(shè)有堪布一人，管理全寺院政、教兩務(wù)，寺院內(nèi)之一切重大事情亦歸其管理。喇嘛烏孜一人，格貴一人，強佐六人。除強佐外其余均由拉薩三大寺內(nèi)取得“格西拉然巴”學(xué)位的僧人來擔(dān)任，都必須經(jīng)過達賴或攝政的任免。任期與下密院同。

　　上密院所屬溪卡據(jù)不完全統(tǒng)計為36座，下屬7個支寺，原有康村25個，后改編為5個，扎巴人數(shù)額定500人，但有時少至200人，多至1000人不等。因為上、下密院的僧人，不僅生活制度非常嚴(yán)格，而且修行程度也是很艱苦的，所以有的已考取格西學(xué)位的僧人來到這里報個名，便退學(xué)。上、下密院退學(xué)的僧人很多，可以隨來隨去，寺院本身不加以限制，所以僧眾人數(shù)很不穩(wěn)定。

　　 上、下密院的經(jīng)濟來源主要依靠各種布施和本寺院所屬莊園的供給，西藏地方政府規(guī)定免去其兵差及各種苛捐雜稅，享有很高的待遇，是一個經(jīng)濟獨立的寺院組織。其每年要在三大寺、布達拉宮、大昭寺、覺布隆、堆龍、窮木達、扎雅爾等處進行一次佛事活動。

　　上、下密院名義上屬于甘丹寺的密宗扎倉，但實際上、下密院與甘丹寺是平行的關(guān)系，是互不相屬的。哲蚌寺、色拉寺雖有密宗扎倉，但是上、下密院比它們的密宗扎倉高一級，所以三大寺的僧人只有在學(xué)習(xí)顯宗完畢后，如欲繼續(xù)學(xué)習(xí)密宗，才能進入這個密宗學(xué)院。

　　上、下密院的僧人生活艱苦，制度嚴(yán)格，他們每天要上四堂殿，第一堂殿從半夜兩點鐘開始，無論寒暑都得赤足坐在用鵝卵石鋪成的固定的位置上修煉，所以深受廣大藏族人民的信仰和愛戴，在社會上享有很高的聲譽。